В миналото в Баткун е имало три параклиса "Св. Троица", "Света Петка" и "Св. Георги". В началото на ІХ век жителите на Баткун си построяват малка черква "Св. Богородица", която днес не съществува. Днес е запазена само църквата "Света Богородица". Тя е построена след Освобождението, през 1892 г., на мястото на стар параклис. Поради това, за разлика от Паталенската, църквата в Баткун не е вкопана в земята. Църквата е еднокорабна, висока с балкон в западната и част. Иконостасът е дървен, без дърворезби, с два реда икони. Иконите са предимно от края на ХІХ век. Част от тях са рисувани през 1892 год. от Филип Тодоров Изографски. По някои от иконите има дарителски надписи.